Le Pr Lynn est professeur d’immunologie des systèmes à l’Institut de recherche médicale et de santé d'Australie du Sud et au Collège de médecine et de santé publique de l’Université Flinders. Il est également directeur scientifique du SA Genomics Centre (SAGC), une infrastructure nationale australienne de génomique. Il dirige un programme de recherche en immunologie des systèmes qui étudie la façon dont les microbes (pathogènes et commensaux) ainsi que les vaccins influencent notre système immunitaire dans divers contextes.

Ses travaux dans le domaine du microbiome ont mis en lumière le rôle clé du microbiota dans la régulation des réponses vaccinales (Cell Host Microbe 2018; Nature Reviews Immunology 2022; Gut 2024; Nature 2025), la longévité des mammifères (Cell Reports, 2021) et les immunothérapies contre le cancer (Cell Reports Medicine 2021, Nature Reviews Immunology 2024). Ses études cliniques actuelles comprennent l’étude AVIRS (Antibiotics and Vaccine Immune Responses Study; NCT06148025), qui emploie des modèles d’infection expérimentale humaine particulièrement innovants pour démontrer de façon concluante si la perturbation du microbiota intestinal avant l’immunisation entraîne une altération des réponses immunitaires spécifiques (ré-exposition au BCG) ou non spécifiques (exposition à la souche vaccinale de la fièvre jaune).

En s’appuyant sur les travaux récents de son équipe (Nature, 2025), le Pr Lynn a aussi mis sur pied un essai clinique randomisé contrôlé visant à évaluer si les réponses immunitaires à la vaccination sont améliorées chez les nourrissons traités aux antibiotiques qui reçoivent une intervention à base de probiotiques (https://clinicaltrials.gov/study/NCT07189390). En 2027, le Pr Lynn entrera en fonction à titre de professeur d’immunologie des systèmes au Département de microbiologie et d’immunologie de l'Université McGill et à l’IR-CUSM.